Vị trí của Stefan Bátory lúc đầu vô cùng khó khăn do một số quý tộc phản đối kết quả bầu cử Nghị viện năm 1575. Hoàng đế Maximilian II tăng cường phá rối nội bộ triều đình và chuẩn bị hoạt động quân sự chống lại Báthory, đại diện của Công quốc Litva từ chối ngôi vị của ông và đòi nộp hết tiền bạc và tài sản của vơ mình vào ngân sách của Litva và được Bátory chấp thuận. Ông chính thức được công nhận là Công tước vĩ đại của Lithuania (Litva), Công tước Ruthenia và Samogitia vào tháng 6/1576[3][4].

Giải quyết xong vấn đề Litva, Stefan Batory lại phải đối phó với một vấn đề tương tự khi tuyển hầu Phổ là Albrecht Friedrich từ chối ngôi vị của mình[4]. Cái chết đột ngột của Maximilian cải thiện tình hình cho Stefan Báthory, nhưng thành phố Danzig (Gdańsk) vẫn từ chối công nhận cuộc bầu cử. Tiếp theo, Liên minh Hanse do sự xúi giục của Hoàng đế La Mã thần thánh cũng từ chối luôn ngôi vị của Batory và công khai ủng hộ Maximilian II của đế quốc La Mã Thần thánh lên ngôi. Xung đột kết quả được gọi là cuộc nổi loạn Danzig, tuy nhiên cuộc nổi loạn đã nhanh chóng bị lực lượng Báthory đánh bại. Để tránh chiến tranh có thể xảy ra nữa, Batory quyết định hòa hoãn, chấp nhận một số điều kiện của Danzig để được đường hoàng lên ngôi vua hợp pháp. Tháng 2 năm 1578, ông thừa nhận George Frederick là người cai trị Công quốc Prussia[5]